Artbestämma via DNA

[Fredrik H.]

Jag har nyligen diskuterat den ständiga röran beträffande ciklidernas olika grupperingar och namn med en insatt person. Han menar att man på sistone börjat artbestämma en stor del djurarter via DNA och att räknande av fenstrålar, fjäll, ben och tänder mycket snart kommer att höra till det förflutna. Detta kommer då att innebära en exakthet som troligen kommer att röra om riktigt ordentligt och att väldigt mycket kommer att ändras under en väldigt kort period.

Jag vet att vi har folk som är insatta i denna typ av frågor med oss, vad säger ni?

mvh,

[Kjell Fohrman]

Detta diskuterades rätt mycket för ett antal år sedan vad gäller Tanganyikaciklider då en större undersökning hade gjorts på dessa. Slutresultatet blev mycket omdiskuterat eftersom det oftast inte på något sätt var logiskt om man utgår från fiskarnas färger, form och även utifrån geografiska förändringar som skett i sjön (som är en bidragande orsak till artvariationen) och hela forskningsresultatet föll snart i glömska.
Ciklidhälsningar
Kjell

[Fredrik H.]

Nu snackar jag ju om saker som jag inte begriper men kan man inte grovt förenklat likna DNA vid en bild/reflektion av en organism in i minsta detalj? Finns inte varje liten beståndsdel med? Det ska ju till och med (nästan) gå att återskapa en varelse via DNA (eller det kanske bara är på film?).

Menar du Kjell att man fann samma DNA-struktur hos en Tanganyikaciklid som hos en annan trots att de rent visuellt var kraftigt olika?

Det är fullt möjligt att jag har någon sorts romantisk uppfattning om att man kommit mycket längre på det här planet än man verkligen har.

mvh,

[Kjell Fohrman]

citat:Menar du Kjell att man fann samma DNA-struktur hos en Tanganyikaciklid som hos en annan trots att de rent visuellt var kraftigt olika?

Ja det var något åt det hållet - för att hårdra det med ett dåligt exempel så visade DNA-undersökningen att människan inte var släkt med apan utan med lejon, och tigrarna var släkt med aporna. Logiskt sett så borde ju apan och människan resp. tigern och lejonet vara närbesläktade men resultatet följde alltså inte logikens lagar.

Problemet med DNA var väl att man (åtminstone inte då) inte riktigt visste vilka beståndsdelar som man jämföra. Men som sagt jag kommer inte ihåg så mycket om undersökningen och kan definitivt inte något om DNA så jag överlåter med nöje de som är insatta i ämnet att reda ut begreppen.
Ciklidhälsningar
Kjell

[Janne E]

Är inte så insatt i själva DNA tekniken men jag vet att några Finländska forskare satt upp ett labb i Iquitos Peru (i år) för att DNA testa samtliga fiskar i detta område.

Mvh Janne

[jte]

Jag tror att DNA forskningen har kommit ett antal steg framåt sedan undersökningen som Kjell nämner.
Man forskar ju mycket om människan men just fisk beståndet har inte DNA forskningen kommit lika långt.
Tyvärr är det ju det ekonomiska som styr det mesta i världen och att forska i just akvarie fisk är inte direkt lönsamt.
Tror att vi får vänta ett tag till innan akvarie fiskar kommer att DNA bestämmas.
Jag håller med Fredrik att dina synpunkter kommer att vara grunden till artbestämning i framtiden.
"Den som väntar får se"

[Ola Svensson]

citatetta diskuterades rätt mycket för ett antal år sedan vad gäller Tanganyikaciklider då en större undersökning hade gjorts på dessa. Slutresultatet blev mycket omdiskuterat eftersom det oftast inte på något sätt var logiskt om man utgår från fiskarnas färger, form och även utifrån geografiska förändringar som skett i sjön (som är en bidragande orsak till artvariationen) och hela forskningsresultatet föll snart i glömska.

Det är meningslöst att diskuttera dessa undersökningar från DNA-teknikens barndom. De gav en hel del konstiga svar men även en hel del svar som inte var konstiga och som gjorde att man ställde nya frågor. Kjell hänvisar till kapitlet i Tanganyika Secrets tror jag. Hoppa över det av flera orsaker. Det är en gammal undersökning och diskussionen om varför undersökningen är konstig är helt uppåt väggarna. Fredrik har rätt, massor kommer att skivas om i framtiden. Idag är DNA-undersökningar "säkra" och många anser att en fyllogeni helt eller åtminstone till stor del ska baseras på DNA.

[Micke]

Det finns också en atikel inom samman ämne i Cikildårsboken vol. 3, "Artbildning, DNA och Tropheus".

[Ola Svensson]

citat:Nu snackar jag ju om saker som jag inte begriper men kan man inte grovt förenklat likna DNA vid en bild/reflektion av en organism in i minsta detalj? Finns inte varje liten beståndsdel med? Det ska ju till och med (nästan) gå att återskapa en varelse via DNA (eller det kanske bara är på film?)

Jo det kan man, men hur ska vi använda informationen för att bestämma släktskap? Förr tog man och värmde upp DNA från två individer så att det delade på sig för att sedan låta det svalna. Då slår det ibland ihop sig fel. Ju mer fel desto lägre smältpunkt. Smältpunkten användes sedan som ett mått på släktskap. Det funkar huffsat på vissa nivåer men sämre på andra och används inte längre. Personligen misstänker jag att Kjell minns fel gällande lejon, chimpans och människa. På den nivån borde det ha funkat.

citat:Menar du Kjell att man fann samma DNA-struktur hos en Tanganyikaciklid som hos en annan trots att de rent visuellt var kraftigt olika?

Smälta funkar som sagt dåligt, DNA kan likna varandra ändå om avstånden är nära och om samma gener finns i omlopp. Rent generellt är svaret ja annars. Där kommer nog en av de stora förändringarna i framtiden. Färger är helt meningslösa när det gäller att bestämma släktskap mellan populationer (men desto viktigare inom). Det här går inte lösa utan DNA.

citatet är fullt möjligt att jag har någon sorts romantisk uppfattning om att man kommit mycket längre på det här planet än man verkligen har.

Jag har också varit av din uppfattning. Numera använder man DNA som vilken annan karraktär som helst. Man sekvenserar t ex en gen och ser om den finns eller har förändrats hos släktingar. Själv jobbar jag med något som kallas mikrosatelliter. Det är repeterade baspar längst ut på DNA mollekylen och har inget värde för individen vad man vet. Dessa varierar otroligt mycket i längd (antal baspar) och man kan bestämma faderskap mha av dem (på samma sätt som man i skolan kollade blodgrupp, rulla tungan, ögonfärg osv) och ju fler alleler (olika mängder baspar (tex 68 baspar, 70 baspar, 76 baspar osv.) i varje satellit det finns i varje population desto enklare blir det. Satelliten som jag oftast använder har hela 46 alleler medan de som används på Malawiciklider har runt 8 och då måste man använda fler olika satelliter.

[56ovwal]

Den artikel som jag genast kommer att tänka på var införd i tidskriften
Akvariet för ett antal år sedan. Tror det är den som även Kjell syftar
på. Kjell överdrev givetvis, precis som han sa, men om jag inte minns
helt fel visade det sig i den undersökningen att en Orangemoorii var
närmare släkt med t.ex. Bärnstensmoorii än sin nära granne från Kiriza.
Och detta kunde de flesta inte hålla med om.

[Fredrik H.]

Intressanta saker men såklart lite svårt att förstå när man inte har baskunskap i ämnet.

Jag vet ju inte ens vad DNA består av. Du säger att man smälter det, det går alltså inte att bara titta på det och se någon sorts struktur?

mvh,

[Ola Svensson]

citat:Jag vet ju inte ens vad DNA består av.

Du får surfa lite Jag hittar snabbt http://susning.nu/DNA

citatu säger att man smälter det, det går alltså inte att bara titta på det och se någon sorts struktur?

Man har ingen möjlighet att titta på hela DNA, det är för stort och man måste ju då sekvensera (ta reda på vad det består av) hela DNAt. Det har man bla annat gjort på människan (det tog 13 år, HUGO-projektet blev klart 2003), C elegans (en nematod), musen och bananflugan men inte cikliderna (se http://www.ebi.ac.uk/genomes/eukaryota.html ). Ett indirekt sätt är att smälta det och då delar sig spiralen sig "som ett blixtlås". Sedan sätter den ihop sig med en "blixtlåshalva" från ett annat blixtlås. Ju mindre lika dessa blixtlås var, desto lägre smältpunkt. Det blir ett indirekt mått. Istället tittar man på vissa gener som man har sekvenserat (vet hur de ser ut och var de sitter) eller kör "DNA-fingerprinting" (som är en indirekt metod, man hackar sönder DNA på bestämda ställen och jämför DNA-fragmenten). Mikrosatteliter vet man hur de ser ut och det är en enklare metod som på sitt sätt är "mittimellan" sekvenserade gener och DNA-fingerprinting.