En hel sjös fauna i ett snapsglas

[DaRe]

Så här i Juletid kan detta vara något att tänka på

Danska forskare visar vägen för framtida övervakningen av biologisk mångfald med hjälp av DNA-spår i miljön för att hålla koll på hotade vilda djur:
Vattenprov från en sjö med storleken av ett snapsglas kan innehålla bevis på en hel sjös fauna.

[Mike_Noren]

Jepps, eDNA är hett just nu. Den här studien är inte alls först (som de lite missvisande antyder), första eDNA studien gjordes i Frankrike för två år sen för att hitta dammar som invaderats av nordamerikansk oxgroda, och förra året använde USA's naturvårdsverk den för att spåra invasiva asiatiska karpar.

Snapsglas är det inte riktigt fråga om heller. Normalt sett brukar man filtrera ner en liter vatten eller mer (tror amerikanerna filtrerade ned 50 liter). Vad man är ute efter är lösa hudceller; det räcker med en enda för att man ska kunna påvisa att arten finns i provet. Att man kan avgöra hur vanliga arterna är genom att räkna antal hits per prov ska man ta med en nypa salt.

[Erik Åhlander]

Vad står det lilla "e"et för? Är tekninken besläktad med den som användes till riksmuseets pungvarg?

[DaRe]

Nej jag ljög nog lite angående snapsglaset, det är ju snart jul och då kan det blir en snaps eller så.

[Byttorp]

Nej jag ljög nog lite angående snapsglaset, det är ju snart jul och då kan det blir en snaps eller så.

Kanske redan blivit några

[DaRe]

Hörruduru.

Hehe,
Nej jag sitter och lablar gamla tidningar så de är klara till fredagen. Fast nu när du säger det så passar nog en trevlig öl bra till det. Hmm nej förresten det är ju julfest på jobbet i morgon som jag arrangerat. Där blir det snaps

[Mike_Noren]

Vad står det lilla "e"et för? Är tekninken besläktad med den som användes till riksmuseets pungvarg?

Har ju inte den blekaste vad ni gjorde med den stackars pungvargen , men e't står för "environmental", dvs att man är ute efter DNA som inte sitter ihop med moderorganismen.

[DaRe]

Låter ju väldigt intressant detta! Något du jobbar med?

[Erik Åhlander]

Har ju inte den blekaste vad ni gjorde med den stackars pungvargen , men e't står för "environmental", dvs att man är ute efter DNA som inte sitter ihop med moderorganismen.

http://www.nrm.se/download/18.236afbb81200fa473788000939/Miller+et+al+Genome+Research.pdf

Dom analyserade allt DNA och sedan delade upp det på ursprung om jag minns rätt. T ex att de bedömde att det humana DNAet troligen också var 100 år gammalt, etc (men jag misstänker att det var 25 år gammalt och mitt...)

[Mike_Noren]

Låter ju väldigt intressant detta! Något du jobbar med?

Nja, men jag har precis skrivit en anslagsansökan för ett projekt som skulle använda eDNA och high throughput sequencing (de två tekniker som är grunden för det här).

Dom analyserade allt DNA och sedan delade upp det på ursprung om jag minns rätt. T ex att de bedömde att det humana DNAet troligen också var 100 år gammalt, etc (men jag misstänker att det var 25 år gammalt och mitt...)

Ja, det verkar vara liknande. Grunden är att det finns en ny teknik (high throughput sequencing) för att sekvensera DNA, som går ut på att man sekvenserar hundratusentals sekvenser parallellt. Varje snutt man får är mycket kort och med många fel, så snuttarna kombineras ihop som ett pussel av en dator. I slutänden får man förhoppningsvis hyfsade DNA sekvenser från alla arter som var med i provet, sekvenser som man sen identifierar genom att jämföra mot GenBank.

eDNA bygger på att alla djur hela tiden släpper hudceller omkring sig, och att tekniken nu är känslig nog att hitta DNA ur en enda cell. Man tar ett vattenprov eller jordprov, koncentrerar ned det, och extraherar allt DNA som finns i provet. Om man är ute efter att hitta en viss art kör man sen vanlig sekvensering, vill man hitta alla arter i provet kör man high throughput sekvensering.

[Ola Svensson]

Nja, men jag har precis skrivit en anslagsansökan för ett projekt som skulle använda eDNA och high throughput sequencing (de två tekniker som är grunden för det här).

Ja, det verkar vara liknande. Grunden är att det finns en ny teknik (high throughput sequencing) för att sekvensera DNA, som går ut på att man sekvenserar hundratusentals sekvenser parallellt. Varje snutt man får är mycket kort och med många fel, så snuttarna kombineras ihop som ett pussel av en dator. I slutänden får man förhoppningsvis hyfsade DNA sekvenser från alla arter som var med i provet, sekvenser som man sen identifierar genom att jämföra mot GenBank.

eDNA bygger på att alla djur hela tiden släpper hudceller omkring sig, och att tekniken nu är känslig nog att hitta DNA ur en enda cell. Man tar ett vattenprov eller jordprov, koncentrerar ned det, och extraherar allt DNA som finns i provet. Om man är ute efter att hitta en viss art kör man sen vanlig sekvensering, vill man hitta alla arter i provet kör man high throughput sekvensering.

Så tekniken skulle kunna användas för att jaga Loch Ness-odjuret?

[Erik Åhlander]

Så tekniken skulle kunna användas för att jaga Loch Ness-odjuret?

Troligen. Mera tveksamt med Malawicichlider.

[Mike_Noren]

Så tekniken skulle kunna användas för att jaga Loch Ness-odjuret?

Troligen. Mera tveksamt med Malawicichlider.

Jag skulle vilja påstå att ni har helt rätt bägge två.

Apropå Nessie vore det kul att testa hur känslig tekniken är genom att ta lite vattenprover i Vallentunasjön, som det är känt innehåller en (1) mal. Kanske inte så realistiskt, men går det att påvisa den malen skulle jag bli imponerad.

[Ove Planstedt]

Apropå Nessie vore det kul att testa hur känslig tekniken är genom att ta lite vattenprover i Vallentunasjön, som det är känt innehåller en (1) mal. Kanske inte så realistiskt, men går det att påvisa den malen skulle jag bli imponerad.

Det vore riktigt häftigt.