Slakttrad over mellanamerikanerna!

[Ola Svensson]

Sitter ni pa ett universitet sa ska ni komma over den har artikeln, annanrs far ni noja er med abstract. Tradet ar baserat pa mitokondrie DNA.

http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WNH-4KPNVT3-5&_user=891016&_handle=V-WA-A-W-AUY-MsSAYVA-UUA-U-AAZBAYCVCA-AAZUDZZWCA-AEWDDDVVZ-AUY-U&_fmt=summary&_coverDate=08%2F22%2F2006&_rdoc=43&_orig=browse&_srch=%23toc%236963%239999%23999999999%2399999!&_cdi=6963&view=c&_acct=C000047400&_version=1&_urlVersion=0&_userid=891016&md5=e49ae257f1cc54c69ad77cf56639457f

Om inte lanken funkar, testa att soka pa http://www.sciencedirect.com/

Artikeln heter

Phylogeny and biogeography of 91 species of heroine cichlids (Teleostei: Cichlidae) based on sequences of the cytochrome b gene

Gustavo A. Concheiro Péreza, Oldřich Říčanb, Guillermo Ortíd, Eldredge Berminghama, Ignacio Doadrioe and Rafael Zardoyae

Molecular Phylogenetics and Evolution
Article in Press, Corrected Proof

(dvs den ar inte publicerad an forutom pa natet).

[daniel_i_malmö]

Sitter ni pa ett universitet sa ska ni komma over den har artikeln, annanrs far ni noja er med abstract.

Intressant, ska kolla om jag kommer åt den från medfak i morgon. Innehåller artikeln någon överskådlig grafisk vy över släktträdet? (om det överhuvudtaget är möjligt att rita upp en sådan)

[Ola Svensson]

Jajjamensan! Archocentrus poppar t ex upp lite har och dar (inklussive "Cryptoheros") liksom Amphilophus. Tyvarr (sa vitt jag forstar det) sa ar det baserat pa mitokondrie DNA. Skulle vara kul om nagon som kan sant har kan kommentera (Mike, hjalp!).

[Ola Svensson]

Den har artikeln handlar om samma sak (i samma tidning):

Systematics and historical biogeography of Greater Antillean Cichlidae
Prosanta Chakrabarty
Molecular Phylogenetics and Evolution
Volume 39, Issue 3 , June 2006, Pages 619-627

http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WNH-4J9X301-3&_user=891016&_handle=V-WA-A-W-WD-MsSWYWW-UUA-U-AAZBWVUAYA-AAZUYWUEYA-AEVCVYZCY-WD-U&_fmt=summary&_coverDate=06%2F30%2F2006&_rdoc=4&_orig=browse&_srch=%23toc%236963%232006%23999609996%23622778!&_cdi=6963&_acct=C000047400&_version=1&_urlVersion=0&_userid=891016&md5=5896cfb85fdeb2211439c4b809cf6936

[Mike_Noren]

Skall ta en titt imorgon. Är hemma idag och plitar på papper, så jag har inte tillgång till literaturdatabaserna.

[Ola Svensson]

Diskussionen pa cichli-L ar intressant (las om Archocentrus och Archocentrus octafasciatus): http://listserv.nic.museum/cgi-bin/w...10&L=cichlid-l

Tydligen ar det ett ytterligare papper pa g dar 10 nya slakten beskrivs (Cichlasoma octofasciatus far ett eget).

Det har gamla inlagget ar intressant:

http://listserv.nic.museum/cgi-bin/wa?A2=ind0208&L=cichlid-l&D=0&P=1016

[Ola Svensson]

Enligt Oldrich Rican sa kommer det inte bli nagra arter utan genus efter detta. http://www.cichlidae.info/phpBB2/vie...=1294&start=45 skriver han att

[Mike_Noren]

Har ögnat igenom papperet, och är lite besviken att Olda gjort detta.

Träd med "forced" full upplösning, endast analyserade med Bayesian inference & dess spegelbild ML (de skriver att de gjorde parsimonianalyser & bootstrap analys, men presenterar aldrig resultatet).
Sen drar de märkliga växlar om hypotetiska havsgående ciklider baserat på en molecular clock analys, trots att alla *vet* att molecular clock analyser bygger på felaktiga antaganden, *alltid* går fel, och *per automatik* överdriver tid sen divergens.

Men det man verkligen skall se upp med är den 100%iga upplösningen i trädet. Trädet ser ju tjusigt ut när man först tittar på det, tillochmed inomartsvariationen är fullt upplöst. Grejen är bara att massor av de grenarna saknar stöd, och alltså inte kan skiljas från slump. Noderna med stöd är överlagrade på ett träd som pga vald analysmetod alltid är fullt upplöst, och implikationen är att de ostödda nodernas topologi ändrar sig om man ändrar analysmetod, taxonsampling, eller utgrupp.

Nu kan man visserligen i huvudet försöka kollapsa alla grenar som inte har en siffra bredvid sig (indikerande Bayesian probability eller ML posterior probability), dvs ignorera alla grå linjer och bara bry sig om de svarta, men det är ganska svårt. Noder som saknar stöd lurar läsaren att tro att grupperingar som inte kan skiljas från slumpvisa grupperingar faktiskt har stöd i datat.

Till Oldas försvar vet jag att han åtminstone förr höll med mig om det mesta jag skriver ovan, men att han inte är försteförfattare och förmodligen fått kompromissa hårt under skrivandet av artikeln. Jag tippar den opresenterade parsimoni & bootstrap-analysen var hans verk, som sedan kapades ur studien.


Pffff... Så till resultatet. Man kan inte säga om Heroini är monofyletiskt eller inte, eftersom alla noder som skiljer Heroinis "huvudgrupp" från Pterophyllum saknar stöd.

Cichlasomatini är monofyletiskt med stöd, men den interna upplösningen är mycket låg.

Endast en handfull släkten har stöd för monofyli.

Placeringen av Archocentrus centrarchus visar att Archocentrus är icke-monofyletiskt. I övrigt går det inte att säga något om Archocentrus pga brist på stöd. Artikeln överdriver enligt min mening när de säger att "Archocentrus is firmly nested within Amphilophus". Det kan mycket väl vara så, men förutom för centrarchus har de inget stöd för det; det kan faktiskt lika gärna vara så att Amphilophus är en ingrupp i Archocentrus. Hela Amphilophines trädet är, givet dessa data, en oupplöst röra som det är svårt att dra några slutsatser om.

Det fortsätter på samma sätt i Herichthyini-trädet. De säger att Vieja är icke-monofyletiskt, men det saknas faktiskt stöd för den slutsatsen.

Jag blir trött i huvudet av att försöka visualisera trädet utan de ostödda noderna, så jag ger mig inte in på de tio föreslagna nya släktena. Den roade kan ju se om det ser ut som om de _har stöd_ för monofyli.

Det verkar också vara ett direkt fel i slutklämmen. De räknar upp en räcka icke-monofyletiska släkten, men såvitt jag kan se är Caquetaia, Theraps och Tomocichla monofyletiska i deras träd. Med stöd, tillochmed.

Sen kommer molekylära klockan biten, som jag vägrar slösa tid och ork på. Det spelar tydligen ingen roll hur ofta den molekylära klockan skjuts ner eller ger löjliga resultat, den uppstår på nytt hela tiden.


OK, jag har slaktat artikeln. Låt mig nu förklara: artikeln är mainstream i metodologi, detta är state-of-the-art. Det är jag som är extrem.
Jag vägrar acceptera grupperingar som inte kan skiljas från slump TROTS att det leder till ofta svårt oupplösta träd. Jag kommer att göra en omanalys av den matris som användes i den här artikeln, och jag gissar att resultatet, om man gjort det på mitt sätt, hade varit opublicerbart pga att all "intressant" upplösning försvinner.

Jag vägrar acceptera molekylära klock resultat pga att hela metoden bygger på antaganden man VET inte stämmer och att klockan därmed går fel, och för att ju bättre man kalibrerar klockan desto sannolikare är det att den överskattar tiden sen divergens. I bästa fall är en molekylär klock uppskattning en extremt grov uppskattning, snäppet bättre än en ren gisstimering. Folk vet detta, och använder den _ändå_ för att det är enda sättet att få "objektiva" datum på molekylära träd, nåt man väldigt gärna vill ha.


Det är tänkbart den här artikeln har rätt i allt den säger. Jag anser bara att den inte lyckats leda i stort sett nånting i bevis.

Nu kommer jag att försöka få tag i matrisen och köra en egen analys. Jag kommer att testa vad som händer om jag byter ut utgrupp eller tar bort/lägger till några arter i matrisen.

[Ola Svensson]

OK, jag har slaktat artikeln. Låt mig nu förklara: artikeln är mainstream i metodologi, detta är state-of-the-art. Det är jag som är extrem.
Jag vägrar acceptera grupperingar som inte kan skiljas från slump TROTS att det leder till ofta svårt oupplösta träd. Jag kommer att göra en omanalys av den matris som användes i den här artikeln, och jag gissar att resultatet, om man gjort det på mitt sätt, hade varit opublicerbart pga att all "intressant" upplösning försvinner.

Men kommer det att accepteras? Kommer de 10 nya slaktena som beskrivs (tydligen finns det en massa morfologiskt data enligt lanken ovan) att accepteras? Kommer detta leda till att akvarister far lite mer stabilitet, eller kommer det sjunka i glomska?

Nu kommer jag att försöka få tag i matrisen och köra en egen analys. Jag kommer att testa vad som händer om jag byter ut utgrupp eller tar bort/lägger till några arter i matrisen.

Blev det nat kul?

[Mike_Noren]

Men kommer det att accepteras? Kommer de 10 nya slaktena som beskrivs (tydligen finns det en massa morfologiskt data enligt lanken ovan) att accepteras? Kommer detta leda till att akvarister far lite mer stabilitet, eller kommer det sjunka i glomska?

Svårt att säga. Artikeln är mainstream, men det finns tecken som tyder på att ingen är riktigt nöjd med resultatet.
Vad gäller stabilitet... Resultatet är per automatik inte stabilt, eftersom det till stor del bygger på grupperingar som inte kan skiljas från slump. Kanske kommer akvarister att få ett gäng nya namn att memorera, och de namnen står sig tills nån sekvenserar hela mitokondrier eller tjugofem nya arter eller byter utgrupp, gör om analysen - och får ett annat (och troligen lika dåligt stött) resultat.

Att koncentrera sig på grupper med stöd är inte en garanti för sanning eller stabilitet, och det lämnar många frågor obesvarade, men att koncentrera sig på ostödda grupper är en garanti för instabilitet.

Blev det nat kul?

Jag har inte gjort något på detta än. Jag har gjort många liknande analyser och är ganska säker på att jag redan vet resultatet: mitt parsimony jackknife träd kommer att vara identiskt med deras Bayesian träd vad gäller väl stödda noder medan ostödda och svagt stödda noder kollapsar; och att byta utgrupp eller ändra taxon-urval kommer att leda till kaskader av ändringar i Maximum Parsimony & Bayesian-trädens ostödda och svagt stödda noder.

[Ola Svensson]

Jag "bumpar" den har traden efter onskemal. Jag gjorde en lite sammanstalling om detta (se bilden som framst var till for att visa var umbrifera hor hemma). Oavsett om detta ar ett bra trad eller inte sa ar det ju det basta vi har och det kommer att komma namnandringar utifran detta. Fragan ar vad vi kan forvanta oss.

Det har ar inget taxonomiskt arbete utan systematiskt. Det kommer folja taxonomiska arbeten, men Herotilapia och Jack Dempsey ligger LAAANGT fran Archocentrus och ganska nara Thorichthys. De hor inte ens till samma tribus sa det kommer "garanterat" halla. Archocentrus ar dessutom splittrat mellan Parachromis och Amphilophus och inklamt mellan arter i dessa. Man har vetat detta lange och det ar darfor som splittringen med Cryptoheros har betraktats som trams. Archocentrus ar dvargformer av diverse Amphilopiina slakten. Aven detta ar tydligt och lar besta. Det komiska ar att Archocentrus spilurus sattes som typart for Cryptoheros sa det kanske den kommer att fa heta eftersom att den ar ratt ensam i sin. Archocentrus centrarchus ligger mitt i Amphilophus och kommer "nog" byta namn till detta. Den ar typart for Archocentrus sa Archocentrus forsvinner som jag forstar det. Nigrafasciatusgruppen blir "sakert" ett eget slakte eller Amphilophus. Septemfasciatusgruppen blir "sakert" eget slakte eller Parachromis (som jag forstar det sa ar managuensis typarten).

[jinnarparen]

Hur är det egentligen med Vieja släktet. Efter vad jag har förstått så ingår numera också bl a Godmannin och Micropthalmus i det släktet, förut så tillhörde de Chuco släktet.
Sen kan man ju fundera på hur närbesläktade t ex Argentea och Synspila egentligen är.
Argentea och Regani är väldigt lika.
Fenestrata, Guttulata, Zonata, Hartwegi, Bifasciata visar också stora likheter.
Synspila och Melanura (om det nu är en egen art) likaså.

Kan det möjligen vara så att man håller på att se över Vieja släktet också?

[JockeB]

Vad jag förstår så är det nu endast Argentea, Ragani och Maculicauda som räknas in i Viejasläktet, dom övriga i Paratherapssläktet. Stämmer det?

[Pangaea]

Vad jag förstår så är det nu endast Argentea, Ragani och Maculicauda som räknas in i Viejasläktet, dom övriga i Paratherapssläktet. Stämmer det?

Var har du hittat den infon, Jocke..?

[Lutt]

Var har du hittat den infon, Jocke..?

det jag vet är att fishbase inte erkänner många "vieja" arter


det jag alltid funderat på är just Cichlasoma är inte det släktet ett sk tillfälligt släkte ungefär som L-malar har nummer innan de har fått namn